Başkanlığın en üst yöneticisi olan Başkan, Başkanlığın genel yönetim ve temsilinden sorumludur.

Başkan, Başkanlık hizmetlerini mevzuat hükümlerine, Başkanlığın amaç ve politikalarına, strateji planına ve Koordinasyon Kurulunun görüş ve önerilerine uygun olarak düzenler ve yürütür. Bu amaçla, Başkanlık birimlerine gereken emirleri verir, bunların uygulanmasını gözetir ve sağlar. Başkan, bu hizmetlerin yürütülmesinden Bakana karşı sorumludur. Başkana izin, hastalık, yurt içi ve yurt dışı görevlendirme ve görevde bulunmadığı diğer hâller ile görevden alınma hâllerinde Başkan Yardımcısı vekâlet eder. 

Başkanlığın Hizmet Birimleri:

a)Alan Planlama ve Proje Grup Başkanlığı
b)Restorasyon ve Yapım İşleri Grup Başkanlığı
c)Alan Yönetimi ve Tanıtım Grup Başkanlığı
ç)Personel ve Destek Hizmetleri Grup Başkanlığı
d)Hukuk Müşavirliği 

Alan Planlama ve Proje Grup Başkanlığının görevleri:

a)Tarihi alan planlarına ilişkin iş ve işlemleri yürütmek, Tarihi Alanın korunması ve geliştirilmesine yönelik araştırma, projelendirme ve eylem planları hazırlamak ve bunların uygulama esaslarını belirlemek ve izlemek
b)Risk yönetimi ve sakınım planlarının yapılmasına ve onaylanmasına ilişkin kuralları belirlemek ve izlemek, plana esas jeolojik ve jeoteknik etütleri yapmak, yaptırmak ve Başkanın onayına sunmak
c)Tarihi Alan içinde birinci derece arkeolojik sit dışındaki özel mülkiyete konu olan tarım alanlarında, tarım ve hayvancılık konularında, geliştirilmiş tekniklerin uygulanması ve özel ağaçlandırmalar ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek
ç)Başkan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak 

Restorasyon ve Yapım İşleri Grup Başkanlığının görevleri:

a)Tarihi alan planlarına göre yapılacak yapım, restorasyon, konservasyon, rekonstrüksiyon, restitüsyon ve renovasyona yönelik yatırım projeleri ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek
b)Başkan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak 

Alan Yönetimi ve Tanıtım Grup Başkanlığının görevleri:

a)Tarihi Alanın idaresine yönelik iş ve işlemleri yürütmek
b)Tarihi Alanın tanıtımına yönelik her türlü görsel ve işitsel eserleri yapmak, yaptırmak ve hizmete sunmak
c)Başkan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak

Personel ve Destek Hizmetleri Grup Başkanlığının görevleri:

a)Başkanlık personelinin eğitim ve özlük işlemlerini yapmak
b)Bütçe ile mali iş ve işlemleri yapmak
c)Başkanlık faaliyetleriyle ilgili yapım, bakım, onarım, satın alma, kiralama, ulaşım, güvenlik, aydınlatma, ısıtma, belge yönetimi, demirbaş, arşiv, depolama ve sağlık giderleri ile ilgili tüm iş ve işlemleri yapmak
ç)Başkan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak

Hukuk Müşavirliğinin Görevleri:

a)Başkanlığın menfaatlerini koruyucu, anlaşmazlıkları önleyici hukuki tedbirleri zamanında almak, anlaşma ve sözleşmelerin bu esaslara uygun olarak yapılmasına yardımcı olmak, adli ve idari davalarda gerekli bilgi ve belgeleri hazırlamak, taraf olduğu adli ve idari davalarda Başkanlığı temsil ve davaları takip etmek
b)Başkan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak